控制和降低冷库的经营成本，在机器设备的运行管理中，要围绕"油、氟、水、电"做文章；在库房管理中，要严把"冰、霜、水、门、灯"五关；在质量管理中，采用先进工艺和技术，提高产品质量。如何降低冷库的运营成本？
我国通常采用的蒸发温度。蒸发温度与库房温度之差一般为10℃，果蔬冷库的蒸发温度一般设计为-1010℃左右，冻结物冷藏间为-28℃，冻结间为-33℃，而实际运行中，许多果蔬贮藏库的温差在15℃左右，而欧洲等经济发达国家，蒸发温度与库房温度之差一般为3~5℃。
跟其他类型冷库一样，货物放入小型冷库之后，其新鲜品质得以较长时间地有效保持。例如，果蔬保鲜冷库中储存的水果蔬菜在稳定适宜的低温环境下，其呼吸作用及新陈代谢速度减缓，从而保鲜较长时间。
在施工过程中，一些职能部门把关不严也是一方面主要原因，国家对冷库建设的相关规范要求，操作规程还没有引起相关部门的重视，国家技术监督总局发布的《冷库设计规范》已单列了“库房的隔气防潮”一节。围护结构两侧设计温差等于或大于5℃时，应在温度较高的一侧设置隔气层。但这一条没有列为强制性的条文，因此在执行中不够严格，加之冷库从设计到施工各个环节的防水隔气认识不到位，给我国冷藏企业的运营带来的损失是相当严重的。