控制和降低冷库的经营成本，在机器设备的运行管理中，要围绕"油、氟、水、电"做文章；在库房管理中，要严把"冰、霜、水、门、灯"五关；在质量管理中，采用先进工艺和技术，提高产品质量。如何降低冷库的运营成本？
除了品质和时间符合果蔬冷库安装企业的需求，货架期的延长是使用果蔬冷库的另一大特别优势。所谓货架期就是果蔬从小型冷库拿出之后，放在货架上的一些时间。对于经营者来说，货架期也是一个非常重要的指标，如果没有满足货架期，那么这种商品其实也具有一定的危险性，也会使得自己的经营受到一定的影响。
有些冷库安装公司采用现场喷涂聚氨酯泡沫隔热材料，却不设置隔气防潮层，甚至某些冷库砌体后连水泥砂浆都不抹，直接喷涂聚氨酯发泡层，他们错误的认为硬泡会自结皮，岂不知每次喷涂都把上一层的结皮破坏，冷热水蒸汽基本在没有阻隔的情况下，长驱直入使保温层受到严重破坏，库温相当不稳定，给冷库的运转带来极大困难。
在施工过程中，一些职能部门把关不严也是一方面主要原因，国家对冷库建设的相关规范要求，操作规程还没有引起相关部门的重视，国家技术监督总局发布的《冷库设计规范》已单列了“库房的隔气防潮”一节。围护结构两侧设计温差等于或大于5℃时，应在温度较高的一侧设置隔气层。但这一条没有列为强制性的条文，因此在执行中不够严格，加之冷库从设计到施工各个环节的防水隔气认识不到位，给我国冷藏企业的运营带来的损失是相当严重的。