电子承兑汇票可以通过银行的电子汇票系统付给对方。具体操作步骤如下：
一、持票人登录银行的企业网银系统，进入电子汇票功能模块。
二、在电子汇票功能模块中，持票人选择需要付款的电子承兑汇票，并核对汇票信息，如汇票号码、付款人、收款人、出票日期、到期日期、金额等。
三、确认汇票信息无误后，持票人选择“付款”功能，并录入对方的账户信息，如收款人名称、账号、开户行等。
四、再次核对付款信息，确保无误后提交付款指令。银行电子汇票系统会根据指令进行资金划转，将电子承兑汇票款项付给对方。
需要注意的是，在实际付款业务操作中，付款人还应对银行承兑汇票持票人的资格进行形式上审查，包括票据的形式是否合法，记载的事项是否记载齐全，承兑汇票的背书是否连续，以及提示付款人的合法身份证明或者有效文件等。此外，付款人付款后应及时收回票据，以避免票据进入善意的第三人手中而遭受损失。
另外，如果电子承兑汇票到期日未能及时付款，可能会产生逾期付款的情况。此时，付款人需要按照相关规定支付逾期付款赔偿金。
综上所述，电子承兑汇票的付款操作需要通过银行的电子汇票系统进行，并确保付款信息的准确无误。同时，付款人还应履行相应的审查义务，以避免潜在的风险和损失。