背书是电子承兑汇票核心环节，背书链条出现瑕疵，直接导致贴现失败。常见瑕疵包括背书不连续、背书名称与印鉴不一致、背书备注栏有异常备注、回头票。回头票指票据经过多手流转之后，又回到之前出现过的企业名下，很多渠道会限制接收回头票，或是提高利率。
还有部分企业背书时填写不得转让，标注不得转让的票据，后续无法再贴现、再背书流转。背书超时、提示付款逾期，也会形成票据瑕疵，影响兑付和贴现。
拿到票据之后，时间逐行核对背书主体，检查每一手是否清晰连贯。如果已经形成瑕疵，部分瑕疵可以出具说明材料补救，但是流程繁琐，很多贴现机构不愿意承接，建议收票阶段就严格把关，拒收背书有瑕疵的票据。